A congregação das Irmãs de Caridade de Nossa Senhora Mãe de Misericórdia (SCMM) iniciou a sua missão na Indonésia, 12 de julho de 1885, na cidade de Padang, Sumatra Oeste. A congregação começou a sua missão de caridade no campo da educação, particularmente para as crianças Chinesas e Europeias. Embora com grandes dificuldades, a congregação, através das primeiras irmãs foi capaz de construir três escolas que cresceram rapidamente, bem como as comunidades.
Até 1960, as Irmãs SCMM na Indonésia eram consideradas como uma região de missão das SCMM da Holanda, como uma parte que não podia se sustentar financeiramente, nem a seus membros. A maioria dos seus membros naquela época veio da Holanda e a superiora foi diretamente nomeada pela superiora geral. Na vida comunitária, as irmãs usavam o Holandês para se comunicar.
O processo da "Indonesianização" da província da Indonésia começou com a independência do país em 1945, e consistiu no ajuste da cultura e da identidade da Indonésia, bem como o uso da língua Indonésia como meio de comunicação. Desde então a formação inicial para candidatas das Irmãs SCMM começou na própria Indonésia, conforme o desenvolvimento nacional quando lá, a Igreja Católica teve a sua autonomia. A congregação SCMM na Indonésia se tornou oficialmente uma Região em 1961. Uma Região era uma parte onde a superiora local ainda era nomeada pela superiora geral da Holanda, mas neste momento os membros locais começaram a se desenvolver, o próprio processo da inculturação como também o uso da língua Indonésia foi amplamente usada em atividades como na oração diária, estatutos e as regras comunitárias, bem como na formação inicial e outros tipos de programas de formação para outros membros da congregação. Mas financeiramente, a Região ainda dependia do conselho geral (Holanda).
Em 17 de outubro de 1975, as Irmãs da Indonésia foram oficialmente reconhecidas como uma Província, onde uma Irmã da Indonésia foi eleita como a primeira Superiora Provincial, assim como os outros membros do Conselho.
Em 2001, a última irmã missionária da Holanda deixou a Indonésia. Desde aquele ano, os membros da Província Indonésia eram formados apenas por irmãs locais. As Irmãs SCMM na Indonésia são oficialmente reconhecidas como Congregação da Província Indonésia SCMM e mais tarde feita uma corporação religiosa com um notariado Act número 04 datado de 06 de agosto de 2002 feitos pelo notário público JAP VERONICA, S.H.
Em 1989, a província SCMM da Indonésia alargou a sua missão ao Timor Leste, que naquele tempo ainda era chamado East Timor (ainda parte da Indonésia). Até 2015, as duas comunidades no Timor Leste que eram Dili e Ossu ainda faziam parte da província da Indonésia. Em 2 fevereiro de 2016, o Conselho Geral da SCMM decidiu separá-las da Indonésia e tornou se comunidade sob a responsabilidade do conselho geral da SCMM na Holanda.
O ano 2018, a congregação SCMM na Indonésia estava presente em doze dioceses/arquidiocese e 28 comunidades com o número de 242 irmãs, que se espalharam em algumas ilhas, tais como:
1. Seis comunidades na Ilha de Nias, que são Amandraya, Hiliniondrasi, Teluk Dalam, Gunung Sitoli, Tuhemberua e lahewa, que entre as irmãs SCMM é conhecida como a sub-província de Nias e pelo nome civil: Congregação SCMM Rainha da Paz;
2. Treze comunidades estão na Ilha de Sumatra, são Banda Aceh, Lhokseumawe, quatro comunidades na cidade de Medan, Pematang Siantar, Tarutung, Sibolga, Sarudik, duas comunidades na cidade de Padang e Pasaman, que entre as Irmãs SCMM são conhecidas como sub-província de Sumatra, e no nome civil como Congregação da província Indonésia SCMM;
3. Nove comunidades estão espalhadas esporadicamente na Ilha de Java, duas comunidades (Jacarta e Yogyakarta), na Ilha de Kalimantan duas comunidades (Banjarbaru e Banjarmasin), uma comunidade na ilha de Bali (Jimbaran), duas comunidades na Ilha de Flores (Maumere e Nebe), e outras duas comunidades na Ilha de Sumba (Waikabubak e Waipadi). Entre as Irmãs SCMM conhecidas como sub-província do Leste, e o nome civil como Congregação SCMM Estrela da Manhã.
De tempos em tempos há um crescimento, um desenvolvimento nos membros, nas candidatas e nas missões de caridade. A missão concentra-se nas áreas de educação (educação inicial, creche, Jardim de infância, escola primária, ensino médio e ensino superior), nas áreas de saúde (clínicas, policlínicas, maternidade clínica, hospital), em trabalhos sociais (dormitórios para meninas e meninos, orfanato, casa de idosos, pastorais, cantina, alfaiataria, convivência para crianças), algumas irmãs trabalham em outras instituições que pertencem a terceiros como escolas, hospitais, no escritório da diocese e em KOPTARI (Conferência dos Superiores Religiosos da Indonésia).
Nas últimas quatro décadas, houve muitas mudanças na vida religiosa, como também na vida das Irmãs SCMM. As obras de caridade que antigamente foram administradas pelas irmãs na Europa haviam sido entregues ao governo ou aos leigos. A maioria das irmãs não usa mais o hábito religioso e algumas decidiram morar sozinhas ou num pequeno grupo e juntos estão procurando novas formas de vida religiosa. Nos países em desenvolvimento como na Indonésia, as irmãs são relativamente mais novas, (a idade média) elas irmãs cuidam das missões de caridade e trabalham muito para manter todos os trabalhos da congregação. Elas estão tentando viver a vida religiosa de uma maneira plena nas suas comunidades e todas as irmãs usam ainda o hábito religioso. O mundo muda, mas uma coisa permanece que é a coragem de trabalhar juntos para os pobres. Uma irmã SCMM disse, “As obras de caridade permanecem para sempre”.